Dyrektor Archiwum Państwowego w Toruniu nadzoruje bezpośrednio:
- Oddział I – kształtowania narodowego zasobu archiwalnego (OAZ),
- Oddział II – ewidencji, opracowania i zabezpieczenia zasobu archiwalnego (ZOE), w ramach którego funkcjonują:
- Pracownia ewidencji i informatyzacji (PEI),
- Pracownia konserwacji archiwaliów (PK),
- Oddział III – udostępniania zasobu archiwalnego (UZA),
- Stanowisko do spraw popularyzacji zasobu archiwalnego (POP),
- Dział administracyjno–gospodarczy (AG),
- Dział finansowo–księgowy (FK),
- Stanowisko do spraw kadr i rozwoju zawodowego (HR),
- Oddział zamiejscowy we Włocławku (OW).